Obrazy w nastawach ołtarzy bocznych usytuowanych między arkadowymi wejściami do kaplic a prezbiterium według przekazów powstały w roku 1684 w pracowni wybitnego malarza Michaela Willmanna, przez potomnych obdarzonego zaszczytnym przydomkiem „śląskiego Apellesa”. Willmann urodził się w roku 1630 w pruskim Królewcu, skąd po nauki udał się do północnych Niderlandów. W Amsterdamie miał możliwość zapoznania się z twórczością Rembrandta i jemu współczesnych. Nieobce było mu także malarstwo Flamandów z Rubensem na czele. W poszukiwaniu zamówień Willmann przybył do Europy Środkowej. Przebywał krótko w Berlinie i Pradze, by ostatecznie w 1660 roku osiąść w dobrach cystersów w Lubiążu. Był twórcą warsztatu, który w dziesięcioleciach po wojnie trzydziestoletniej zaspokajał rosnący popyt na dzieła sakralnej sztuki, propagując przy tym nowoczesne, barokowe formy. Stał się na Śląsku symbolem całej epoki, jedną z ważniejszych postaci w dziejach całej śląskiej kultury.

Dzięki kontaktom między cysterskimi opactwami dzieła Willmanna i jego współpracowników docierały także na Górny Śląsk – do Jemielnicy i Rud. W rudzkiej świątyni oglądać dziś można dwa płótna z pracowni wielkiego mistrza – Śmierć św. Benedykta oraz Apoteozę św. Bernarda. Trzeci obraz, zdobiący niegdyś wnętrze klasztornego kościoła – sygnowane i datowane na rok 1685 Męczeństwo św. Wawrzyńca – umieszczony jest dziś w ołtarzu głównym dedykowanej temu świętemu drewnianej świątyni w Kuźni Ligockiej, dzielnicy Rybnika.

Pierwsze z malowideł ukazuje w niemal frontalnym ujęciu Benedykta z Nursji. Urodzony w 480 roku w dzisiejszej Norcii koło Perugii, na Monte Cassino stworzył wspólnotę mnichów i napisał regułę zakonną, która cieszyć się miała wielką popularnością we wczesnych wiekach średnich. Na obrazie z warsztatu Willmanna święty rozkłada ręce, kierując wzrok ku górze. Jego mdlejące ciało podtrzymuje klęczący po lewej mnich, inny nachyla się całując jego zwiotczałą dłoń. Zza pleców Benedykta wychylają się dwaj aniołowie, inni unoszą duszę konającego, przedstawioną pod postacią dziecka, ku zasiadającej pośród obłoków Trójcy Świętej. W podobny sposób Willmann ujął temat śmierci założyciela zakonu benedyktynów w obrazie przeznaczonym dla kościoła klasztornego w Lubiążu, datowanym na ok. 1684 r. Płótno znajduje się dziś w Loreto nad Bugiem.

Drugi obraz ołtarzowy prezentuje Bernarda unoszącego się na obłoku. Święty prawą ręką wskazuje ku górze, w lewej trzyma lilię. Po bokach anioły trzymają krzyż, chustę św. Weroniki, włócznię z gąbką i lancę wymierzoną w gorejące serce, które jeden z aniołów trzyma na wysokości piersi świętego. Centralne miejsce w górnej strefie malowidła zajmuje Madonna z Dzieciątkiem. Towarzyszą im święci: po lewej Józef z laską w dłoni, po prawej Wawrzyniec z rusztem i męczeńską palmą. Nieco niżej klęczy dwóch opatów w zakonnych habitach: benedyktyńskim i cysterskim. Są to zapewne święci Benedykt i Stefan Harding, który przyjął Bernarda do klasztoru. Ten ostatni wskazuje na unoszoną przez anioła otwartą księgę, na której spoczywa wieniec.

Na tle innych przedstawień Bernarda z Clairvaux malowidło w Rudach jawi się jako dzieło oryginalne. Doszukać się można w nim odwołań do opisywanego w żywotach świętego wydarzenia. Oto złożonemu ciężką chorobą świętemu ukazać miała się Maria w towarzystwie Benedykta i Wawrzyńca. Na obrazie z pracowni Willmanna pojawiają się jednak także inni święci. Uwagę zwraca zwłaszcza obecność św. Józefa, otaczanego szczególną czcią przez śląskich cystersów. Widzieli w nim oni, obok Jezusa i Marii, jedną z osób tzw. trójcy stworzonej, stanowiącej wzór mistycznego zespolenia duszy z Bogiem.

W obrazie pojawia się bogaty zestaw atrybutów Bernarda. Księga z wieńcem wskazuje na jego mądrość, lilia na czystość, zaś Arma Christi na kontemplację Męki Pańskiej. Lanca wymierzona w serce symbolizuje gotowość współcierpienia z Chrystusem, która jest warunkiem mistycznego zjednoczenia. Wzorem tej postawy jest Najświętsza Maria Panna. Jak pisał w jednym ze swych kazań Bernard, lanca, która przebiła bok Chrystusa, przeszyła także jej duszę.

Pozostałe dwa obrazy ołtarzy bocznych w transepcie są dziełem Ignatza Raaba, pochodzącego z Czech jezuity, który w latach siedemdziesiątych XVIII w. przebywał w kolegium w Opawie. Po kasacie Towarzystwa Jezusowego opat Rud chciał pozyskać go dla swojego klasztoru, jednak malarz zdecydował się osiąść w morawskim Welehradzie. Dla rudzkich cystersów wykonał również obrazy ołtarzowe w kościele parafialnym w Maciowakrzu, a także malowidło Chrystus w Emaus, przechowywane obecnie w kaplicy w dawnym klasztorze.

Obraz w południowym ramieniu transeptu ukazuje św. Floriana unoszącego się pośród obłoków nad wzgórzem, zza którego wyłania się ognista łuna. Święty w zbroi, płaszczu i hełmie, trzyma w prawicy naczynie, z którego ku płomieniom leje się strumień wody. Florian z Lorch był rzymskim urzędnikiem, w późniejszych legendach przedstawiano go jednak jako legionistę. W 304 roku miał dobrowolnie poddać się męczeństwu. Zginął w nurcie rzeki Enns.

Św. Wawrzyniec, uwieczniony w malowidle ołtarza w północnym ramieniu transeptu, przedstawiony został w stroju diakona z palmą męczeńską i stanowiącym symbol jego śmierci rusztem w dłoniach. Wawrzyniec pochodził z Aragonii. Był synem świętych męczenników Orientusa i Patientii. Został wyświęcony na diakona przez papieża Sykstusa II, spieszącego na sobór do Toledo. W 258 został ścięty wraz z czterema innymi diakonami. Z czasem upowszechniła się relacja o śmierci Wawrzyńca na ruszcie.

Ignatz Raab był też prawdopodobnie autorem obrazów w ołtarzach świętych Anny i Barbary, znajdujących się niegdyś w nawie głównej, zniszczonych w pożarze 1945 roku.