W przypadku wystroju i wyposażenia wnętrza zmiany następowały znacznie częściej i miały charakter bardziej kompleksowy niż w przypadku samej architektury. Niestety, znacząca część barokowych dekoracji i sprzętów została zniszczona w pożarze wznieconym przez żołnierzy  Armii Czerwonej w roku 1945. Znane są nam one jedynie dzięki archiwalnym fotografiom. W stosunkowo dobrym stanie zachowały się jedynie dekoracje kaplic przy prezbiterium oraz na przedłużeniu południowego ramienia transeptu. W pozostałych przestrzeniach o dawnej wspaniałości kościelnego wnętrza przypominają pojedyncze obiekty – głównie cztery ołtarze boczne w nawie poprzecznej i antyambona w nawie głównej. Wszystkie powstały w efekcie wielkiej modernizacji wnętrza świątyni w latach 1785-90. Była to ostatnia barokizacja obiektu cysterskiego na Śląsku zakrojona na poważną skalę. Dokonał jej warsztat Johanna Schuberta, morawskiego artysty aktywnego w wielu miejscowościach Górnego Śląska, tworzącego pod wpływem środowiska wiedeńskiej Akademii. Schubert był dekoratorem operującym lekką, rokokową manierą, podporządkowującym poszczególne elementy efektowi całości.

Nie inaczej było i w Rudach. Płaszczyzny ścian i sklepień kościoła szczelnie pokrył płaszcz stiuku. Sklepienia nawy głównej ozdobił cykl reliefów o maryjnej tematyce. Na murach poniżej wymalowano sceny z życia św. Bernarda z Clairvaux, oparte na wzorach graficznych działającego w Augsburgu Gottfrieda Bernharda Göza. Przestrzeń nawy i prezbiterium ukształtowana została na podobieństwo barokowej sceny – wstawione w nią sprzęty utworzyły kolejne kulisy, prowadzące wzrok ku głównemu ołtarzowi. Pierwszy element tej sekwencji stanowiły ambona oraz umieszczona naprzeciwko niej antyambona. Zachowała się jedynie ta druga – kazalnica uległa zniszczeniu w 1945 r., a obecna, przesunięta w stronę wschodnią, nawiązuje do niej dość swobodnie.

Kontrambona ukształtowana została podobnie do odpowiadającej jej kazalnicy. Kosz rozszerza się u dołu, baldachim na rzucie prostokąta wykonano z polichromowanego stiuku, imitującego draperię. Spływający po bokach paludament ujmuje wysoki, stiukowy zaplecek, zdobiony reliefem. Na czołowej ściance kosza umieszczono przedstawienie spotkania Jezusa z dwoma uczniami w Emaus. Ukazano kulminacyjny moment, w którym Chrystus zostaje rozpoznany podczas łamania chleba. W zaplecku pojawia się natomiast św. Bernard z Clairvaux, który mocą hostii dokonuje nawrócenia wroga papiestwa – Wilhelma Akwitańskiego. Wystrój figuralny antyambony uzupełnia para puttów na koszu, którym towarzyszą protomy lwa i byka, symbolizujące ewangelistów Marka i Łukasza, oraz rozchylające paludament anioły. Jednemu z nich towarzyszy orzeł, symbol ewangelisty Jana, w drugim postrzegać należy symbol św. Mateusza.

Reliefy antyambony łączy ich eucharystyczna wymowa, która wskazuje na związek obiektu z Najświętszym Sakramentem. Wraz z kazalnicą znajdował się on tuż przed kratą oddzielającą część nawy przeznaczoną dla świeckich od przestrzeni zarezerwowanej dla członków konwentu. Możemy przypuszczać, że w tym właśnie miejscu wierni przyjmowali komunię z rąk zakonników. Ich obecność stanowiła kolejny – obok przedstawienia łamiącego chleb Chrystusa i trzymającego hostię św. Bernarda – element programu.

Rudzki zespół ambony i antyambony stanowił przykład rozwiązania popularnego na Górnym Śląsku w drugiej połowie XVIII w. i na początku kolejnego stulecia. Antyambony na ogół pełniły funkcję nadbudowy chrzcielnicy, ewentualnie ołtarza bocznego. Ze szczególnym upodobaniem stosował je warsztat Johanna Schuberta, czego świadectwem jest między innymi obiekt w kościele św. Bartłomieja w Głogówku.

Współczesne antyambonie są cztery ołtarze boczne usytuowane przy wschodniej ścianie transeptu. Marmoryzowane stiukowo-drewniane nastawy reprezentują dwa typy. Pierwszy przybrał formę wolutowej ramy, rozszerzającej się u dołu i u góry, posadowionej na wysokim cokole, złączonym z sarkofagową mensą. W dolnej partii rama przechodzi w wolutowe konsole, na których ustawione są stiukowe wazy. Między konsolami znajduje się przeszklony pojemnik na relikwie. Podobne wolutowe motywy występują w górnej części nastawy. Zasiadają na nich putta. Całość zamyka zwieńczenie, mieszczące drewniany, owalny relief. Typ ten reprezentują ołtarze zlokalizowane między arkadami kaplic a południową i północną ścianą transeptu. W pierwszym umieszczono obraz św. Floriana i relief z wizerunkiem św. Józefa z małym Jezusem w zwieńczeniu, w drugim odpowiednio przedstawienia św. Wawrzyńca i św. Jana Chrzciciela.

Drugi typ ma charakter architektoniczny. Całość posadowiona jest na wysokim cokole, złączonym z prostą mensą. Boczne partie przybierają postać filarów usytuowanych ukośnie do płaszczyzny nastawy. Poniżej nich z cokołu wyrastają konsole, stanowiące podstawę stiukowych figur świętych, znajdujących się już w świetle kaplic i prezbiterium. Ponad bocznymi filarami wyrasta zwieńczenie. Jego dolna część ma formę wolut, na których siedzą putta. Pośrodku natomiast umieszczony jest relief. Nastawa ołtarza w południowym ramieniu transeptu mieści obraz św. Bernarda z Clairvaux, a w zwieńczeniu wyobrażenie królowej Saby przed królem Dawidem. W drugiej znajduje się obraz Śmierci św. Benedykta oraz  przedstawienie Ofiary Izaaka.

Cztery figury na bocznych konsolach ołtarzy drugiego typu zasługują na szczególną uwagę. Cysterscy święci w zakonnych strojach ukazani zostali w pogłębionym kontrapoście. Stoją na granicy przestrzeni prezbiterium i sąsiednich kaplic, żywo gestykulując, jakby objaśniali widzowi dokonujące się misterium. Stają się tym samym częścią wielkiego theatrum sacrum. Warto zauważyć, że ich pozy i gesty są teatralne w dosłownym tego słowa znaczeniu – idealnie odpowiadają instrukcjom zawartym w barokowych podręcznikach gry aktorskiej. Można zaryzykować tezę, że wyobrażono tu nie tyle świętych, co aktorów odgrywających ich rolę. Widz wciągnięty zostaje w swoistą grę, tak typową dla ducha rokoka.