We wczesnym średniowieczu ustalony został schemat zespołu klasztornego, który miał dominować przez następne stulecia. Główne budynki grupowano asymetrycznie – po jednej stronie kościoła.
Z reguły była to strona południowa, gwarantująca lepsze naświetlenie. Klasztorne pomieszczenia sytuowano w trzech skrzydłach, które wraz z bryłą świątyni tworzyły czworobok. W centrum założenia znajdował się ogród – wirydarz (od łacińskiego viridarium – gaj, park), wokół którego biegły zapewniające komunikację krużganki. Jednym z najbardziej reprezentacyjnych pomieszczeń był kapitularz, w którym zakonnicy zbierali się, by obradować w ważnych dla konwentu sprawach. Wspólne posiłki spożywano w refektarzu. Dopóki utrzymywał się zwyczaj wspólnego spoczynku mnichów, klasztory wyposażone były także w zbiorową sypialnię – dormitorium. W średniowieczu jedynym ogrzewanym pomieszczeniem w klasztorach cysterskich było kalefaktorium. Jako magazyny służyły cellaria.

W Rudach blok zabudowań klasztornych, najpewniej z uwagi na bieg rzeki Rudy, zdecydowano się zlokalizować po północnej stronie kościoła. Do początku XIV w. wzniesiono jedynie niewielki fragment wschodniego skrzydła. Budowę klasztoru kontynuowano przez całe czternaste stulecie.
W efekcie powstało założenie o trzech jedno- i dwukondygnacyjnych skrzydłach. Skrzydło wschodnie, przylegające do północnego ramienia transeptu świątyni, mieściło na parterze między innymi zakrystię i kapitularz, na piętrze zaś skarbiec, pokój opata i dormitorium – sypialnię mnichów. W parterowym skrzydle północnym znajdowały się kuchnia, refektarz, a więc jadalnia mnichów i kalefaktorium. Skrzydło zachodnie mieściło cellaria i refektarz konwersów na parterze oraz sypialnie konwersów na piętrze.

W 1671 z inicjatywy opata Andreasa Pospela rozpoczęto budowę nowego klasztoru. Powtarzał on w zasadzie plan założenia średniowiecznego. Najważniejsza zmiana polegała na poszerzeniu wzniesionego od podstaw skrzydła północnego. Tym razem wszystkie skrzydła wyposażono w dwie kondygnacje. Dachy ozdobiono lukarnami. Elewacja od strony zachodniej, sąsiadująca z fasadą kościoła, być może posiadały podziały pionowe w postaci pilastrów. Takiego rozwiązania nie można wykluczyć także w przypadku elewacji północnej, która przed dobudową pałacu opackiego miał reprezentacyjny charakter. To w niej umieszczono paradne wejście. Nad otworem poprzedzonym schodami znajduje się rozerwany naczółek, w którym umieszczono niszę z figurą Madonny z Dzieciątkiem.

Pałac opacki dobudowano do właściwego klasztoru w dwóch etapach. W końcu XVII w. powstał dwukondygnacyjny budynek wschodni na planie litery L. W początkach kolejnego stulecia wymurowano część zachodnią na podobnym rzucie, z narożną, cylindryczną wieżą. Obie części połączono parterowym łącznikiem, przekształcając w ten sposób prałaturę w trójskrzydłowe założenie przylegające do północnego skrzydła właściwego klasztoru, z własnym wewnętrznym dziedzińcem. Zachodnia część pałacu opackiego występuje przed lico sąsiedniej elewacji klasztoru. W południowej jej części znajduje się przejazdowa brama.

W XVII i XVIII w. regułą stała się budowa nowych, bardziej reprezentacyjnych kompleksów klasztornych, nawiązujących swym architektonicznym ukształtowaniem do obiektów rezydencjonalnych. Nowe założenia powstały w każdym opactwie śląskich cystersów. Na Dolnym Śląsku uzyskały postać daleko bardziej okazałą niż na Górnym. Na tle rozwiązań w Henrykowie czy Lubiążu rudzki zespół klasztoru i prałatury jawi się jako obiekt bardzo skromny. W Rudach nie doszła tak silnie do głosu tendencja do nadania kompleksowi klasztornemu rangi elementu kompozycyjnie co najmniej równorzędnego z kościołem. Rudzki kompleks wykazuje szereg cech anachronicznych,zakorzenionych w miejscowej tradycji późnorenesansowego budownictwa rezydencjonalnego. Jego formy wskazują na izolację od nurtu nowoczesnego, barokowego budownictwa, rozwijającego się na Dolnym Śląsku.

Tak ukształtowany kompleks przetrwał bez większych zmian do sekularyzacji w roku 1810. Po jego przejęciu przez landgrafa Wiktora Amadeusza von Hessen-Rheinfels-Rothenburg wykonano zapewne drobne prace adaptacyjne. Poważne przebudowa nastąpiła dopiero po połowie stulecia według projektów przygotowanych przez Carla Lüdecke w roku 1859. Osiadły we Wrocławiu Lüdecke należał wówczas do grona szczególnie aktywnych i uznanych na Śląsku architektów. Zmiany w zastanej tkance budowlanej dotyczyły przede wszystkim wyposażenia obiektu w sanitariaty i rozbudowy ciągów komunikacyjnych. Przez rozbiórkę parterowego łącznika między skrzydłami dawnego pałacu opackiego, otwarto dziedziniec w stronę stawów i parku. Dobudowano także szereg ryzalitów, mieszczących klatki schodowe oraz narożną półcylindryczną basztę we wschodnim skrzydle dawnej prałatury, stanowiącą odpowiednik podobnego elementu skrzydła zachodniego. Zaaranżowano również szereg wnętrz o reprezentacyjnym charakterze likwidując wcześniejsze podziały. W elewacjach pojawił się neogotycki detal, w tym schodkowe szczyty, ożywiające sylwetę budowli. Usunięto je w ramach rebarokizacji założenia w latach trzydziestych XX w.